С 1660 по 1753 гг. существовала Харьковская таможня. Затем указом императрицы Российской империи Елизаветы все внутренние таможни России были отменены. На Слобожанщине осталась только приграничная таможня в Изюмском Слободском полку. С 18 июня 1870 г. в Харькове стала действовать Харьковская главная складская таможня - одна из 10 внутренних таможен России. Здание, где она располагалась, сохранилось и сейчас (Полтавский шлях, 45). Эта таможня просуществовала до 1923 г.
Харьковская таможня включает пункты пропуска в Харькове и 18 районах области, а также международный пункт пропуска "Харьков-Аэропорт". В зоне деятельности таможни в 2007 г. было аккредитовано около 8 тыс. субъектов внешнеэкономической деятельности. Харьковская таможня в 2007 г. перечислила в госбюджет 1,26 млрд.грн., что на 21% больше, чем в 2006 г.